《励耘书屋丛刻》 北京师范大学出版社影印本, 1982年

　　第一集

元西域人华化考八卷

元典章校补八卷

元典章校补释例六卷

　　第二集

史讳举例八卷

旧五代史辑本发覆三卷

吴渔山先生年谱二卷

释氏疑年录十二卷

清初僧诤记三卷

　　《陈垣史学论著选》，上海人民出版社1981年，收元也里可温教考、开封一赐乐业教考、火祅教入中国考、摩尼教入中国考、雍乾间奉天主教之宗室、吴渔山生平、汤若望与木陈忞等论著共79篇，包括一些专著的摘录。

　　《陈垣史源学杂文》，人民出版社，1980年

　　《陈垣集》 中国社会科学出版社 “近现代著名学者佛学文集”1995年

　　《陈垣来往书信集》 陈智超编注 上海古籍出版社 1990年

　　单行本

《校勘学释例》（即收入《丛刻》中的《元典章校补释例》） 中华书局1959年

《释氏疑年录》 中华书局1964年

《元西域人华化考》 上海古籍出版社 “蓬莱阁丛书”2000年

《中国佛教史籍概论》 科学出版社1955年，中华书局1962年，1982年，上海书店出版社2001年

《史讳举例》 科学出版社1958年，中华书局1962年

《明季滇黔佛教考》 科学出版社1959年，中华书局1962年，河北教育出版社 “二十世纪史学名著丛书” 2000年

《通鉴胡注表微》 科学出版社1958年，中华书局1962年，辽宁教育出版社“新世纪万有文库”1997年

《二十史朔闰表》 中华书局1962年，1999年