五种社会形态说的第一个缺陷是违背了形式逻辑有关概念划分的一些基本规则。
从逻辑上看，五种社会形态说所提出的社会形态区分问题，也就是一个划分或分类问题，它意味着将社会形态这一属概念（上位概念），根据某个标准划分为五种社会形态的种概念（下位概念），或者说，意味着将各种各样具体社会形态的概念，根据某个标准归纳分类为五种社会形态的概念，这两个过程就概念关系来说是等价的。从概念划分的角度看，五种社会形态说有两个缺陷：一、违反了概念划分中每一次划分应当使用同一个划分标准的规则，将不等位概念并列于同一等级；二、违反了概念划分中各子项必须穷尽母项的规则，误将各社会形态间的对立（反对）关系视为矛盾关系，忽视了它们之间中间类型或过渡时期的存在。
先看其逻辑缺陷之一。五种社会形态说把斯大林所定义的生产关系作为区分社会形态的核心标志，由此，五种社会形态概念内涵的基本规定可用下表表示。
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社会形态 |
生产资料所有制形式 |
有无剥削与阶级 |
社会成员在生产中的关系 |
剥削者剥削压迫被剥削者的形式 |
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原始社会 |
公有制 |
无 |
平等的互助关系 |
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奴隶社会 |
私有制 |
有 |
不平等的压迫关系 |
奴隶人身被奴隶主占有，奴隶主强迫奴隶劳动 |
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封建社会 |
私有制 |
有 |
不平等的压迫关系 |
农奴人身依附于封建主,封建主逼迫农奴劳动 |
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资本主义社会 |
私有制 |
有 |
不平等的压迫关系 |
工人人身自由，资本家迫使工人劳动 |
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共产主义社会 |
公有制 |
无 |
平等的互助关系 |
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原始社会、共产主义社会概念的基本规定是：生产资料公有制，无剥削，无阶级，社会成员在生产中的关系是平等的互助关系。相对此规定，奴隶社会、封建社会、资本主义社会概念内涵相同：生产资料私有制，有剥削，有阶级，社会成员在生产中的关系是不平等的压迫关系。区分这三种社会形态的标准仅在于剥削者剥削压迫被剥削者形式的不同，而这个标准根本无法使用于原始社会和共产主义社会。显然，五种社会形态说在对社会形态概念的一次划分中，使用了不同的两套标准，从而造成并列的五个概念不等位、不可比的混乱现象。相对于原始社会、共产主义社会的概念，奴隶社会、封建社会、资本主义社会只有合并为阶级社会的概念，方能与之并列，成为等位概念。奴隶社会等等只是阶级社会这一属概念的再次划分，是其下的种概念。
不遵从概念划分中一次划分应使用同一标准的规则，将不等位概念同等并列，必然造成逻辑混乱。例如，划分人这一概念，可根据生理性别得到男人、女人、两性人三个种概念，这是合理的，但如果不使用同一标准，混淆概念等位，划分为男人、女婴、少女、青年妇女、……两性人等概念，就显得不伦不类，闹出笑话。
纠正这个缺陷，如果不改动五种社会形态说对人类社会历史的基本描述，社会形态的划分至少应改造为两个层次的划分系列。首先根据生产资料是公有制还是私有制，有无剥削，有无阶级，社会成员在生产中的关系是否平等的标准，划分出原始社会、阶级社会、共产主义社会，然后再按剥削压迫形式的不同，将阶级社会划分为奴隶社会、封建社会、资本主义社会，它们应当与原始社会、共产主义社会的相类划分处于同一层位，例如与蒙昧时代和野蛮时代、共产主义低级阶段和高级阶段等等处于同一层位。对研究对象按层次进行连续分类，每一层次遵从同一标准，由此形成若干层次的概念系列，这是全面把握对象唯一正确合理的方法。试想，如果没有界、门、纲、目、科、属、种的分类系列，生物学能否存在？如果没有分子、原子、基本粒子的分类系列，微观物理学将陷入怎样的混乱之中？要从宏观上把握人类社会历史，也需要建立包含若干层次的社会形态分类系列。
再看其逻辑缺陷之二。五种社会形态说的各种社会形态概念，两两之间都是全异（平行）关系，其外延边界清晰，互相间断，例如不能说封建社会同时又可作为资本主义社会。然而，事物发展过程中必然存在中间形态，辩证法对此极为重视，恩格斯说：“一切差异都在中间阶段融合，一切对立都经过中间环节而互相过渡，……辩证法不知道什么绝对分明的和固定不变的界限，不知道什么无条件的普遍有效的‘非此即彼！’它使固定的形而上学的差异互相过渡，除了‘非此即彼！’，又在适当的地方承认‘亦此亦彼！’，并使对立互为中介。”（马克思、恩格斯：《马克思恩格斯全集》第２０卷，人民出版社1971年版，第５５４～５５５页。）各种社会形态之间同样存在中间形态或过渡时期，例如按照五种社会形态说的社会形态定义，从其核心内容生产资料所有制形式来看，公有制与私有制之间有一个明显的中间形态，以具有公有制和私有制二重性为基本特征的农村公社曾长期存在。五种社会形态说的确立者斯大林也明确谈到过中间形态和过渡时期的存在，他将生产关系分为三类：“这些关系可能是不受剥削的人们彼此间的合作和互助关系，可能是统治和服从的关系，最后，也可能是从一种生产关系形式过渡到另一种生产关系形式的过渡关系。”（斯大林：《列宁主义问题》，人民出版社1972年版，第６４６页。）那么，这些“过渡关系”应当归入哪一种社会形态之内呢？斯大林并未予以考虑。显然，两种生产关系之间的“过渡关系”是“亦此亦彼”的，以其为基础的社会是过渡性质的社会，不能归入五种社会形态中的一种，因而，五种社会形态概念的总和并不能满足社会形态这一概念的外延。这就将各种社会形态概念间的对立关系误当成矛盾关系，从而违反了概念划分中各子项必须穷尽母项的规则。
忽视中间形态的存在，不仅妨碍对事物运动变化的把握，而且进一步增加了分类的人为性，易于造成混乱。例如，早期生物分类采用林奈的动物、植物二界分类法，这种方法在中间物种上碰了壁。有一种低级生物眼虫，它有叶绿体，能进行光合作用，这是植物特征，它有鞭毛，能游泳，有眼点，能感光，能通过细胞膜吸取环境中的有机养分，这是动物特征。因而植物学家将它看为植物，归入鞭毛藻一类，动物学家将它看为动物，归入鞭毛虫一类，使分类陷入混乱。后来海克尔在动物、植物两界之间添加了原生生物界，才开始使这些中间形态有了较合理的归宿。
纠正这个缺陷，社会形态的划分至少应当声明：各种社会形态之间被相应的中间形态分隔开，它们并不是连续的，这些中间形态在社会形态分类系列中也占有一席之地。或者再进一步，对这些中间形态的内涵规定性作更深一层的确定，然后排列于相应的社会形态分类层次上。