1986年起任博士生导师，1987年起任厦门大学历史研究所所长。1994年，应邀赴英国牛津大学东方研究所合作研究半年，并到荷兰、比利时、新加坡学术访问。1996年，受聘台湾"中央大学"历史研究所客座教授。曾任全国重点学科专家评议组和国家教委学位委员会学科评议组成员。现任厦门大学历史研究所所长、《中国社会经济史研究》主编、林则徐研究会会长、中国史学会理事、国务院学位委员会学科评议组成员，厦门大学学术委员会、学位委员会委员，福建省高校教师职称评审历史学科组组长。
杨国桢教授长期致力于明清史和明清社会经济史的研究，尤对民间契约文书、海洋社会经济史和林则徐研究造诣较深，是全国重点学科厦门大学专门史(中国经济史)学科带头人。他提出中国封建土地所有权具有多重性结构的"封建土地所有论"，社会区域经济是社会环境、社会行为和价值体系组合的有机体的概念，建立中国海洋社会经济史学科和海洋人文社会学的倡议，以及林则徐、陈嘉庚研究和对契约文书体系、契约文化、契约学的论述，受到学术界的重视。主持六五、七五国家社科重点项目"明清福建地区经济史研究"、七五国家教委社科项目"明清东南区域沿海与山区经济的比较研究"、《明史新编》，八五国家教委社科项目"明清中国沿海社会与海外移民"，九五福建省社科项目"福建海洋发展研究"、国际合作项目"闽台社会文化比较研究"等，取得较好的社会效益。论著或合著曾获全国爱国主义历史通俗读物优秀奖、国家教委和福建省社科成果二等奖、中国社会科学院优秀成果一等奖。指导的研究生，已有20人获博士学位，其中二人担任博士生导师。1987年，福建人民政府表彰为有突出贡献的科技工作者。1992年，国务院颁给享受政府特殊津贴证书，福建省人民政府授予省首批优秀专家称号。1994年，被评为国家有突出贡献的中青年专家。1995年，被评为厦门大学优秀研究生导师。
著有《林则徐传》、《陈嘉庚》、《明清土地契约文书研究》、《林则徐论考》、《闽在海中--追寻福建海洋发展史》；合著有《陈嘉庚传》、《明史新编》、《清代全史》第五卷、《明清时代福建的土堡》、《明清中国沿海社会与海外移民》；主编有《明清福建社会与乡村经济》、《李光地研究》、《林则徐》(大型画册)；编有《林则徐书简》、《闽南契约文书综录》、《傅衣凌治史五十年文编》、《中国通史参考资料·古代部分第七册》(参编)；点校有《西海纪游草》。目前承担九五国家重点图书项目《海洋与中国丛书》(主编)和《林则徐全集》(副主编)。
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